세균이 증명된 경우 항생제 치료가 전립선염 치료의 기본 치료법입니다. PCR유전자 검사로 확인된 균에 적절한 항생제의 선택이 필수적입니다. 흔히 퀴놀론계(싸이신, 씨프로베이, 싸이록사신 등) 항생제가 전립선 조직내로의 투과성이 좋아 흔히 사용되지만 모든 전립선염의 원인균에 효과적인 것은 아닙니다. PCR유전자 검사로 확인된 균에 따라 테트라사이클린계, 마크로라이드계(에리스로캅셀, 지스로맥스 등)의 항생제가 선택되어 사용되고 있지만, 이러한 항생제에 반응이 없으면 트리코모나스균에 효과적인 metronodazol과 항진균제를 사용하여 효과를 관찰하는 것도 하나의 치료법입니다.

전립선염 환자에게 흔히 있는 회음부, 하복부, 고환, 대퇴부의 통증이나 불쾌감을 억제하기 위하여 항생제와 함께 소염진통제까지 흔히 사용되는 약물입니다. 치료기간은 항생제와 마찬가지로 장기간 사용하는 것 보다는 증상이 심할 때 단기간 사용하는 것이 원칙입니다.

전립선염은 만성적인 골반근의 긴장 때문에 생긴다는 사실에 입각하여 사용하기 시작한 약물입니다. 특히 만성골반통증 증후군으로 판단되는 환자에게 처방되며, 골격근 이완제로 디아제팜(diazepam), 에티조람(etizolam), 메토카르바몰(methocarbamol), 자낙스(xanax) 등과 바크로펜(baclofen)이 골반근의 긴장성 통증이 있는 환자에 유용하게 사용됩니다.

전립선염 환자 중 빈뇨 등의 배뇨증상이 심한 환자에게 이용됩니다. 부작용으로 구강건조 등의 자율신경계 증상이 생길 수 있는데 이 증상은 약물의 요량을 높일수록 흔히 나타나는 것으로 알려져 있습니다. 최근 작용시간이 길고 부작용이 적은 약물들이 나왔으나 기존 약물에 비해 가격이 높다는 것이 단점입니다.

전립선요도부위의 근육을 이완시켜서 배뇨를 개선하고 통증을 감소시키는 치료제 입니다. 전립선요도부위의 압력을 낮춰서 소변의 전립선역류를 방지하는 효과를 기대할 수 있습니다. 따라서 소변의 전립선 역류에 의해서 생기는 비세균성 전립선염인 경우 가장 유력한 치료가 될 수 있습니다. 알파차단제는 증상이 좋아진 이후에도 한동안 유지하는 것이 필요할 수 있습니다.